Vozidla registrovaná v Systému elektronického mýtného budou k 1. březnu 2024 automaticky zařazena do základní emisní třídy CO₂ 1. U vozidel s datem první registrace po 1. červenci 2019 si mohou provozovatelé ověřit v dokumentech výrobce a v internetovém Vyhledávači emisní třídy CO₂, zda nemají nárok na zařazení do vyšší emisní třídy CO₂ s nižšími poplatky.

Automobily s datem první registrace před 1. červencem 2019 a všechna vozidla kategorie M2 a M3 (autobusy) budou zařazena do základní emisní třídy CO₂ 1 a nemají nárok na zařazení do vyšší emisní třídy CO₂ (2 až 5, s nižšími poplatky). Jejich provozovatelé nemusí podnikat žádné kroky (vyjma vozidel poháněných čistě elektrickou energií a vodíkem – ty patří do emisní třídy CO2 5).

Změna v systému vyžaduje aktivitu jen u minima dopravců. Podle analýzy společnosti CzechToll splňuje podmínky pro zařazení do vyšší emisní třídy CO₂ jen 5 až 10 procent z vozidel, která jsou dnes do Systému elektronického mýtného v ČR zaregistrována. Do dnešního dne přijal CzechToll necelých 300 žádostí o zařazení vozidla do vyšší emisní třídy CO₂ než je základní třída 1.

Pro kontrolu a žádost o zařazení do vyšší emisní třídy CO₂ u vozidel, která splňují požadavky evropské směrnice, mohou provést kdykoli v budoucnosti, pro podání elektronické žádosti není stanovena žádná lhůta.